La protecció de les zones protegides és essencial per la seva contribució al manteniment de la biodiversitat i la protecció de les aigües, la protecció front a situacions extremes, la capacitat d’emmagatzemament d’aigües, la recàrrega d’aqüífers, la purificació i tractament natural de les aigües o els recursos econòmics i pesquers, entre d’altres.
El Pla Hidrològic de les Illes Balears comprèn un resum del registre de les zones protegides amb la seva ubicació, informació ambiental, i una descripció de la legislació comunitària, nacional o local amb la qual hagi estat designada.
Nombre de zones protegides incloses al Pla Hidrològic:
| TIPUS DE ZONA PROTEGIDA | Nº |
| Zones de captació d’aigua per abastament | 77 |
| Zones de protecció d’espècies aquàtiques econòmicament significativa | 2 |
| Masses d’aigua d’ús recreatius (incloses aigües de bany) | 26 |
| Zones vulnerables | 13 |
| Zones sensibles | 127 |
| Zones de protecció d’habitat o espècies: | |
|
168 |
| 17 | |
| 8 | |
| 104 | |
| Perímetres de protecció d’aigües minerals i termals | 6 |
| Reserves naturals fluvials | 9 |
| Zones de protecció especial | 1 |
| Zones humides | 73 |
| Basses temporals | 166 |
| Masses d’aigua càrstiques | 74 |
D’acord amb aquesta classificació, s’han identificat per tipologies les següents zones humides de les Illes Balears:
| TIPUS | MALLORCA | MENORCA | EIVISSA | FORMENTERA | TOTAL |
| AIGUAMOLLS | 31 | 22 | 3 | 4 | 60 |
| BASSES TEMPORALS | 109 | 36 | 8 | 13 | 166 |
| MASSES D’AIGUA CÀRSTICA | 63 | 9 | 0 | 2 | 74 |
| ZONES HUMIDES ARTIFICIALS | 8 | 1 | 9 | ||
| TOTAL | 211 | 67 | 12 | 19 | 309 |
*Per les seves característiques i la seva utilització, no s’han considerat inclosos els embassaments.
Per a més informació sobre les zones protegides, podeu consultar aquí (link biblio gral) la Memòria del Pla Hidrològic de la Demarcació Hidrogràfica de les Illes Balears (Revisió anticipada del Pla Hidrològic del 2º Cicle 2015-2021) i l’Annex 5 del Pla Hidrològic de les Illes Balears: Zones Protegides.