Es va constituir per Acord del Consell de Govern de 19 de juliol de 2021 (BOIB: NÚM. 96, DE 20 JULIOL 2021), modificat per l’Acord del Consell de Govern de 25 d’abril de 2022 (BOiB, 26 D’ABRIL).
És un òrgan co·legiat previst al segon apartat de l’article 5 de la Llei 4/2021, de 17 de desembre, de mesures extraordinàries i urgents per executar les actuacions i els projectes que s’han de finançar amb fons europeus en el marc del Pla de Recuperació, Transformació i Resiliència.
Adscrita a la Conselleria de Fons Europeus, Universitat i Cultura, però sense formar part de la seva estructura orgànica, la Comissió Interinsular té la composició següent:
a) President: el conseller de Fons Europeus, Universitat i Cultura.
b) Vocals:
— Quatre persones en representació del Govern de les Illes Balears, designades pel Consell de Govern.
— Una persona en representació de cada consell insular, designada d’acord amb les normes pròpies d’organització i funcionament.
— Una persona en representació de la Federació d’Entitats Locals de les Illes Balears, designada d’acord amb les normes pròpies d’organització i funcionament.
c) Secretari: el director de l’Oficina de Planificació i Coordinació d’Inversions Estratègiques.
A més està previst que el president pugui convocar a com assistents, amb veu però sense vot, altres persones que pel seu rang orgànic, representatiu o pels coneixements que tenguin sobre els assumptes a tractar es consideri necessari o convenient que hi assisteixin.
Les seves funcions són les de possibilitar la participació de les institucions i entitats que en formen part en el procés d’elaboració —i, si s’escau, modificació— del Pla Estratègic Autonòmic, que el la Llei 4/2021 institueix com a instrument de planificació per aconseguir la transformació de les Illes Balears envers un nou model econòmic i social, d'acord amb els objectius generals del Pla de Recuperació, Transformació i Resiliència, amb vista a assolir un ampli consens quant al seu contingut. Així mateix la Comissió podrà constituir un espai de diàleg i d’informació en el desenvolupament i execució del Pla.