La Directiva Hábitat tiene como finalidad la protección de las especies silvestres y sus hábitats en el ámbito europeo. Su objetivo es contribuir a conservar la biodiversidad europea, mediante el establecimiento de una red ecológica y un régimen jurídico de protección de las especies silvestres. Identifica alrededor de 200 tipos de hábitats, unas 300 especies animales y casi 600 especies vegetales de interés comunitario, estableciendo la necesidad de protegerlos mediante la obligación de la adopción de medidas para mantenerlos o restaurarlos en un estado favorable de conservación. Corresponde en los Estados miembros de la UE determinar sus zonas especiales de conservación y establecer, si procede, planes de gestión que combinen su conservación a largo plazo, con las actividades económicas y sociales.
La Directiva crea una red ecológica coherente de zonas especiales de conservación con el nombre de Red Natura 2000, que también incluye las zonas de protección especial designadas de acuerdo con la Directiva Aves. La red estará formada por zonas que alberguen tipos de hábitats naturales relacionados en el anexo I y especies de plantas y de animales incluidas en el anexo II de la Directiva. Los criterios científicos para determinar las zonas que se incluirán en la red figuran en el anexo III. La Directiva insta a designar áreas de conservación, establecer vínculos funcionales con la matriz territorial que las rodea y mantener la coherencia ecológica de la Red.
Además, establece un sistema de protección global de las especies silvestres. En el anexo IV de la Directiva se relacionan las especies de animales y plantas de interés comunitario que requieren una protección estricta, incluso fuera de la red Natura 2000. Igual que la Directiva Aves, la Directiva Hábitats regula la explotación de las especies: en el anejo V figuran las especies de interés comunitario, la captura en la naturaleza y explotación pueden verse sometidas a medidas de gestión. En el anexo VI figura una lista de los métodos y medios de captura y sacrificio y las formas prohibidas de transporte para la caza.
El valor de esta Directiva para la conservación de la biodiversidad estriba básicamente en dos aspectos. Por un lado, considera a los ecosistemas y a los hábitats de determinadas especies como elementos clave para el mantenimiento de la diversidad biológica de la UE, y los convierte en el objeto central de la política comunitaria de conservación de la naturaleza, superando la estrategia tradicional de actuación sobre especies aisladas. Y, por otro, introduce un concepto nuevo de importancia capital: los valores ecológicos del territorio comunitario constituyen un factor primordial que hay que tener en cuenta en la planificación y la instrumentación otras políticas sectoriales.