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 El servicio de epidemiología tiene como objetivos principales impulsar, gestionar y evaluar sistemas de información en Salud Pública. Actualmente, el servicio de epidemiología gestiona sistemas diversos:
Sistema de Vigilancia Epidemiológica de las Enfermedades de Declaración Obligatoria, Sistema de Vigilancia epidemiológica de los brotes epidémicos, Sistema de información sobre Sida-VIH, registro de Enfermedades Raras, Vigilancia de gripe (Red Centinela de Gripe, Vigilancia de casos graves, etc.), Registro de la Enfermedad de Creutzfeldt-Jacob, Registro de las Interrupciones Voluntarias del Embarazo, Sistema de información permanente sobre adicción a drogas, Sistema de información sobre la Ola de Calor, Registro de trabajadores expuestos a amianto, Registro de respuesta a incidencias, Registro de mortalidad, Coordinación de planes (Plan de erradicación de la poliomielitis, Plan de eliminación del Sarampión y Programa de Vigilancia y Control de la Tuberculosis)
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