La representación autonómica directa en las formaciones del Consejo de la UE es fruto del Acuerdo de la CARUE del 9 de diciembre de 2004 y del 2 de julio de 2009. El Consejo de Ministros de la UE tiene nueve formaciones de rango ministerial, cinco de las cuales afectan totalmente a las competencias de las comunidades autónomas y son: ocupación, política social, sanidad y consumidores; agricultura y pesca; medio ambiente; educación, juventud y cultura, y competitividad.

Las comunidades autónomas pueden participar en estas cinco formaciones de manera directa mediante un representante con rango de consejero, encargado de consensuar la postura común de las comunidades autónomas sobre cada tema. El representante autonómico asume la concertación con la Administración General del Estado, se compromete a poner a disposición del resto de comunidades autónomas la documentación completa sobre los asuntos, a mantenerlas regularmente informadas sobre las negociaciones y a consensuar una posición común con el resto de comunidades autónomas. El representante autonómico se integra dentro de la delegación española, es un miembro de pleno derecho y puede intervenir de acuerdo con el jefe de la delegación cuando se debatan cuestiones que afectan a las competencias autonómicas y exista una posición común autonómica, a pesar de que el jefe de la delegación es el responsable final de las negociaciones.

La Resolución de 22 de julio de 2011, de la Secretaría de Estado de Cooperación Territorial, modificó los Acuerdos de la CARUE del 9 de diciembre de 2004, ampliando la participación autonómica en el Consejo de la UE o de sus grupos de trabajo, en materia de competitividad-consumo, ordenación del juego y deporte.

De acuerdo con esta Resolución, las comunidades autónomas pueden participar en los grupos de trabajo del Consejo de la UE, como instancias preparatorias de las formaciones siguientes:

Ocupación, Política Social, Salud y Consumidores;
Agricultura y Pesca;
Medio ambiente;
Educación, Juventud y Cultura;
Competitividad-Consumo; y
Competitividad-Joc.

Además, la representación autonómica directa se aplica en las formaciones del Consejo de la UE siguientes:

Ocupación, Política Social, Salud y Consumidores;
Agricultura y Pesca;
Medio ambiente;
Educación, Juventud y Cultura; y
Competitividad-Consumo.