Los objetivos del Servicio de Transporte Aéreo son desarrollar las competencias establecidas en el Estatuto de Autonomía en materia de transporto aéreo en conformidad con la legislación del Estado y la participación en los diferentes órganos de gestión aeroportuaria:

• Comité de Coordinación Aeroportuaria de las Islas Baleares (así como en las comisiones de los aeropuertos de Palma e Ibiza).
• Comisiones de seguimiento del desarrollo de las rutas catalogadas como Obligaciones de Servicio Público (OSP).
• Convocatoria de Mesa del Transporto Aéreo de las Islas Baleares. Órgano de consulta, debate y deliberación de esta materia, en el ámbito de las Islas Baleares.
• Comisión de seguimiento ambiental y servidumbres acústicas