L'objectiu de les directrius és establir els procediments, models i terminis de compliment pel diferents operadors ecològics i l'autoritat de control.
El Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació dins de la MECOECO té consensuades amb les diferents CCAA les directrius següents:
- Catàleg d'incompliments. Orientacions comunes del Catàleg de mesures aplicables en cas d'incompliments en matèria de producció ecològica (CATIN_ECO V8).
- Coordinació autorització d'ingredients no Ecològics. Directrius de Coordinació per l'autorització d'ingredients agraris no ecològics en l'elaboració d'aliments transformats ecològics(DI-CO-ING v0.pdf).
- Gestió de presència de productes i substàncies no autoritzades en Producció Ecològica. Directrius per la coordinació de les Autoritats Competents de Producció Ecològica davant la presència de residus de productes i substàncies no autoritzades en producció ecològica (DI-RES-ECO_v2.pdf).
- Comercialització en la Producció Ecològica. Directrius per la coordinació de les Autoritats Competents de producció ecològica en la comercialització de productes ecològics (DI-COM-ECO_v1.pdf).