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Cada estado miembro, en colaboración con la Comisión Europea, acuerda uno o varios programas operativos financiados por el FSE para un período de siete años (2014-2020). Estos programas operativos describen las prioridades de las actividades del FSE y sus objetivos.

La Comisión Europea y las autoridades nacionales y regionales se asocian para diseñar la estrategia del FSE y para gestionarla y supervisar la. Trabajar de forma conjunta es la mejor manera de asegurar que los fondos se invierten de la manera más eficaz y que satisfacen las necesidades de la región.

Uno de los principios que orientan el funcionamiento del FSE es la cofinanciación: debe ir acompañado de financiación pública o privada. Los porcentajes de cofinanciación varían entre el 50% y el 85% (hasta el 95% en casos excepcionales) del coste total del proyecto, según la riqueza relativa de la región.