La representació autonòmica directa en les formacions del Consell de la UE és fruit de l'Acord de la CARUE del 9 de desembre de 2004 i del 2 de juliol de 2009. El Consell de Ministres de la UE té nou formacions de rang ministerial, cinc de les quals afecten, totalment, les competències de les comunitats autònomes i són: ocupació, política social, sanitat i consumidors; agricultura i pesca; medi ambient; educació, joventut i cultura, i competitivitat.

Les comunitats autònomes poden participar en aquestes cinc formacions de manera directa mitjançant un representant amb rang de conseller, encarregat de consensuar la postura comuna de les comunitats autònomes sobre cada tema. El representant autonòmic assumeix la concertació amb l'Administració General de l'Estat, es compromet a posar a disposició de la resta de comunitats autònomes la documentació completa sobre els assumptes, a mantenir-les regularment informades sobre les negociacions i a consensuar una posició comuna amb la resta de comunitats autònomes. El representant autonòmic s'integra dins la delegació espanyola, n'és un membre de ple dret i pot intervenir d'acord amb el cap de la delegació quan es debatin qüestions que afectin les competències autonòmiques i existeixi una posició comuna autonòmica, tot i que el cap de la delegació és el responsable final de les negociacions.

La Resolució de 22 de juliol de 2011, de la Secretaria d'Estat de Cooperació Territorial, va modificar els Acords de la CARUE del 9 de desembre de 2004, ampliant la participació autonòmica en el Consell de la UE o en els seus grups de feina, en matèria de competitivitat-consum, ordenació del joc i esport.

D'acord amb aquesta Resolució, les comunitats autònomes poden participar en els grups de treball del Consell de la UE, com a instàncies preparatòries de les formacions següents:

Ocupació, Política Social, Salut i Consumidors;
Agricultura i Pesca;
Medi Ambient;
Educació, Joventut i Cultura;
Competitivitat-Consum; i
Competitivitat- Joc.


A més, la representació autonòmica directa s'aplica en les formacions del Consell de la UE següents:

Ocupació, Política Social, Salut i Consumidors;
Agricultura i Pesca;
Medi Ambient;
Educació, Joventut i Cultura; i
Competitivitat-Consum.