La delimitació de zones protegides és essencial per la seva contribució al manteniment de la biodiversitat i la protecció de les aigües, la protecció front a situacions extremes, la capacitat d’emmagatzemament d’aigües, la recàrrega d’aqüífers, i la purificació i tractament natural de les aigües o els recursos econòmics i pesquers, entre d’altres.
El Pla Hidrològic de les Illes Balears comprèn un resum del registre de les zones protegides amb la seva ubicació, informació ambiental i una descripció de la legislació comunitària, nacional o local segons la qual ha estat designada.
A la taula següent es mostra el nombre de zones protegides incloses al Pla Hidrològic:
| TIPUS DE ZONA PROTEGIDA | Nº |
| Zones de protecció d’espècies aquàtiques econòmicament significatives | 2 |
| Masses d’aigua d’ús recreatius (incloses aigües de bany) | 27 |
| Zones vulnerables a la contaminació per nitrats d'origen agrari | 13 |
| Zones sensibles a l'eutrofització | 127 |
| Zones de protecció d’hàbitat o espècies: | |
|
168 |
| 17 | |
| 11 | |
| 104 | |
| 166 | |
| Perímetres de protecció d’aigües minerals i termals | 6 |
| Reserves naturals fluvials | 9 |
| Zones de protecció especial | 1 |
|
64 |
| 7 | |
| Masses d’aigua càrstiques | 74 |
Per a més informació sobre les zones protegides, podeu consultar aquí la Memòria del Pla Hidrològic de la Demarcació Hidrogràfica de les Illes Balears (revisió de tercer cicle 2022-2027) i l’Annex 6 del Pla Hidrològic de les Illes Balears: Zones Protegides. A més a més, als enllaços següents trobareu informació específica de cada tipus de zona protegida: