Per assegurar la innocuïtat dels aliments és necessari tenir en compte tota la cadena de producció alimentària, la qual s'ha d'entendre com un continu: des de la producció primària, inclosa la producció de pinsos per a animals, fins a la transformació i venda d'aliments al consumidor. Cada element influeix en la seguretat dels aliments que finalment consumirem.
D'aquesta manera, els Reglaments Europeus d'higiene, en especial el Reglament (CE) 854/2004 del Parlament Europeu i del Consell de 29 d'abril de 2004 pel qual s'estableixen normes específiques per a l'organización de controls oficials dels productes d'origen animal destinats al consum humà, obliguen a l'Administració competent a realitzar controls oficials sobre la producció primària.
En el cas de la pesca i l'aqüicultura, els controls oficials sobre la producció han d'incloure:
- un control periòdic sobre les condicions d'higiene del desembarcament i de la primera venda
- inspeccions periòdiques dels vaixells per comprovar en especial:
- si es manipulen correctament els productes de la pesca,
- si es compleixen els requisits d'higiene i temperatura,
- la neteja dels establiments, inclosos els vaixells amb les seves instal·lacions i equip, així com la higiene del personal i
- controls sobre les condicions d'emmagatzematge i de transport.
Per aquest motiu, cada any es realitzen controls als vaixells de pesca i a les instal·lacions d'aqüicultura, seguint les directrius dels programes de control d'higiene en pesca i dels d'aqüicultura.
Anualment es controlen les embarcacions i instal·lacions que presenten un major risc segons la categorització de risc previ de cada programa.