En la zona meridional contigua al cabo Enderrocat se definió una zona de protección integral, núcleo de la reserva y de unos 2 km2 de extensión, dominada por las praderas de posidonia, en donde está prohibida cualquier actividad extractiva y el fondeo sobre dichas praderas. Los puntos que delimitan esta zona de protección integral son:
Mientras, en el resto de la reserva se permite la pesca de artes menores, la pesca recreativa y la pesca submarina, con unas medidas de regulación concretas que se definen anualmente.
En toda la reserva está prohibida la pesca de arrastre, la de cerco y la pesca con palangre, así como la captura de peces e invertebrados cuyas poblaciones se consideran amenazadas. Entre estas especies cabe citar a los peces Squatina spp., Scylliorhinus stellaris, Dasyatis pastinaca, Dasyatis centroura, Prionace glauca, Mustelus spp., Sphyrna spp., Torpedo torpedo Tremolor, Hippocampus hippocampus, Hippocampus ramulosus, Nerophis ophidion, Syngnathus abaster, Syngnathus acus y Syngnathus typhle; los crustáceos Maja squinado i Scyllarides latus y los moluscos Charonia rubicunda, Conus mediterraneus, Astraea rugosa i Octopus macropus.
Características de la Reserva Marina de la Bahía de Palma